Der 28-Jährige ist seit 2013 FIFA-Schiedsrichter, im gleichen Jahr leitete er zum ersten Mal ein Spiel in einem UEFA-Wettbewerb, und zwar in der Eliterunde der UEFA-U17-Europameisterschaft. Aghayev pfiff auch zwei Spiele bei der U17-Endrunde 2014 in Malta und gab im Dezember 2015 sein Debüt in der UEFA Europa League bei der Partie zwischen Rapid Wien und Dinamo Minsk in der Gruppenphase.
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