Hofer bezog sich in der Konfrontation auf das im Jahr 2000 erschienene Buch von Michael Sika, früherer Generaldirektor für die öffentliche Sicherheit. Sika erwähnt darin eine wissenschafliche Studie zum Thema Rüstung, die Van der Bellen als Universitätsprofessor beauftragt und die von dem Grünen Peter Pilz erstellt worden sei. Dabei habe es auch Materialaustausch mit dem schwedischen Friedensforschungsinstitut SIPRI gegeben, dem manche Spionagetätigkeit nachsagen würden. Außerdem habe der Forschungsgruppe auch der Dozent Peter Fleissner angehört, der vom Stasi-Überläufer Werner Stiller als "informeller Mitarbeiter" bezeichnet worden sei.
Darauf aufmerksam wurde die FPÖ nicht erst im jetzigen Präsidentschaftswahlkampf, sondern bereits 2001. Damals stellte die Partei eine parlamentarische Anfrage an das Innenministerium. Sie fragte unter anderem, ob es Erkenntnisse über Spionage durch SIPRI und über eine Zusammenarbeit von Van der Bellen und Pilz mit Fleissner "über ein unter den Begriff `Freiheit von Wissenschaft und Forschung` zu subsumierendes Maß" hinaus gebe.
Strasser: "SIPRI als unabhängige Forschungsanstalt bekannt"
Die Antwort des damaligen ÖVP-Ministers Ernst Strasser fiel deutlich aus: "Nein. Im Innenministerium bestehen keine Erkenntnisse über frühere Kontakte zwischen Dr.
Peter Pilz und Univ. Prof. Dr. Alexander Van der Bellen mit Dipl. Ing. Dr. Peter Fleissner." Und gegen Fleissner habe es Ermitlungen gegeben, die aber eingestellt worden seien.
Auch die zweite Frage der FPÖ beantwortete Strasser mit "Nein". SIPRI sei " lediglich als unabhängige Forschungsanstalt bekannt".
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